Episode Two начинается практически там же, где закончился предыдущий эпизод. Поезд, на котором уезжали Аликс и Гордон, сошёл с рельс из-за взрыва. На месте Цитадели образовался суперпортал. Аликс и Гордон выбираются и отправляются в Белую Рощу, повстанческую базу, где их ждут доктор Кляйнер, Илай Вэнс и Арне Магнуссон.

В самом начале пути Аликс тяжело ранит охотник, и она выживает только благодаря вортигонту. Исцеление Аликс требует личиночного экстракта из гнезда муравьиных львов. В тот момент, когда вортигонты заняты лечением Аликс, перед Фрименом появляется G-Man и объясняет, что он присматривает за Аликс с тех пор, как спас её из Чёрной Мезы. Он просит Гордона доставить девушку в Белую Рощу в целости и сохранности, после чего даёт задание лежащей без сознания Аликс передать своему отцу сообщение: «Будь готов к непредвиденным последствиям». Аликс приходит в себя, G-Man исчезает, и герои продолжают своё путешествие в Белую Рощу.

На выходе из шахты Аликс, Гордон и сопровождающий их вортигонт наблюдают, как крупные силы Альянса маршируют в сторону Белой Рощи. Чтобы обогнать их, героям необходимо где-то раздобыть транспорт. Они находят скоростной автомобиль на другой стороне разрушенного моста, и по пути туда Гордон убивает стража гнезда и проходит через переполненные хедкрабами и зомби строения над шахтой. Попрощавшись с вортигонтом, Гордон и Аликс отправляются в путь.

Вскоре они находят радиовышку, где на них нападают охотники. Аликс пытается отправить предупреждение о нападении в Белой Рощу, но сигнал не доходит из-за вмешательства советника. Далее у дороги герои находят амбар, где их чуть не убивает советник. Получив ранение при взрыве в своей капсуле, он улетает, и на его защиту тут же бросаются отряды Альянса. Автомобиль преследует вертолёт, и уничтожить его удаётся только на Станции 21. Здесь Гордон уничтожает автоматический пулемёт, пока Аликс вместе с повстанцами чинит машину. В ещё одну засаду герои попадают возле гостиницы, где дорогу им перекрывают силовые поля.

Наконец добравшись до базы, Аликс передаёт доктору Кляйнеру данные, полученные в Цитадели, а Гордон помогает защитить Сопротивление от внезапного нападения Альянса на одну из шахт. Данные раскрывают существование Борея, судна, которое считалось давно исчезнувшим. На борту Борея находится некая телепортационная технология, которая, по словам доктора Кляйнера, может помочь в борьбе с Альянсом. Илай же, боясь повторить масштабы инцидента в Чёрной Мезе, настаивает на уничтожении этой технологии.

Фримен останавливает наступление страйдеров, защищая ракету доктор Магнуссона, чтобы команда учёных смогла отправить спутник с данными на орбиту. После сражения Сопротивление успешно производит запуск ракеты и закрывает суперпортал. Когда Аликс и Гордон готовятся отправиться к Борею, на них нападают советники и убивают Илая. Аликс и Гордона спасает Пёс. Игра закачивается видом Аликс, прижимающей к себе тело отца.

Источник: halflife.fandom.com.